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丹割让出新加坡。至此，英国人在马六甲海峡的南北两端各占有重要地盘，扼制该地贸易。
英法战争开始，法国进攻英国盟国荷兰。荷兰国王将荷兰的海外殖民地交由英国管理，其中包括荷属马六甲。英荷签署《英荷协定》划定两国在东南亚的势力范围，英国以苏门答腊的明古连交换荷兰占据的马六甲，结束了荷兰人在马来半岛183年的统治。
英国人通过插手霹雳州的拿律事务，进入霹雳州的政治舞台，接着进入雪兰莪、森美兰和彭亨州，并派驻参政司管理，在将四邦组成马来联邦。除风俗习惯和宗教外，参政司有权制定一切法律，即所谓的参政司制度。
英国人从暹罗手中获得吉兰丹、吉打、玻璃市、登嘉楼的管辖权，并于介入柔佛，将这五邦组成马来属邦，委派高官管理。至此，英国人完全占有马来半岛的土地及原产品资源。在此期间，北婆罗州成为英国保护国，沙捞越和沙巴也正式沦为英国殖民地。
后来日本发动太平洋战争，英军被日军打败，致使马来半岛落入日本侵略者手中。马来亚人民对日军的侵略进行了英勇反抗，其中以马来亚华侨为主的“马来亚人民抗日军”担当了抗日主力军，英勇作战300多次，打死打伤日伪军5500多人。在日军占领马来亚的3年零8个月内，约有10多万人被残杀，其中大部分是华人。日本投降后，马来亚重新沦为英国殖民地。
二战后，英国继续对马来半岛各邦实行政治上“分而治之”和经济上殖民掠夺的政策，激起人民的不满情绪，争取民族独立的运动风起云涌。马来亚人民多次举行游行示威和请愿，英政府被迫屡屡让步妥协，直到马来民族统一机构）、马华（马来亚公会）、国大党（马联合组成的联盟政党－国民阵线（简称“国阵”）大选获胜，成为国会的执政党，但享有否决权的英钦差大臣仍掌握实权。
同年12月，拉赫曼率团前往伦敦开展争取独立的行动。马英双方正式达成协议，英国终于同意让马来亚独立。
马来亚联邦正式宣告成立。这一天被定为“独立日”（merdeka），也是马来西亚的国庆日，它标志着英国在马来亚长达171年殖民统治的结束。全国大选，被誉为“马来（西）亚国父”的拉赫曼成为马来亚联邦第一任总理。
当马来亚联邦独立时，沙巴、沙捞越和新加坡还未摆脱英国殖民统治。经过多次谈判，达成协议，英政府同意新加坡、沙巴、沙捞越以州名义与马来亚联邦合并组成马来西亚。马来西亚正式宣布成立。现马来西亚仍是英联邦成员国。
马来西亚成立之初，即经历了马印冲突、新加坡独立以及“五一三”种族冲突事件。此后，总理拉扎克开始推行颇受争议的“新经济政策”，目标是通过配额制，提高土着的经济权益比例。此后，马来西亚维持一套精心规划的族群政治平衡，政府体系试图将整体的经济发展与政治经济政策相结合，以提倡所有民族的平等参与。
马担任总理期间，马来西亚经历了快速的经济成长。由原先以农业为基础的经济，转变为以制造业与工业为主的经济。
马来西亚的地理景观也因多项大型计划而改变，包括国家石油公司的双峰塔（曾经是世界最高建筑物，目前仍是世界最高的双子星大楼）、吉隆坡国际机场、南北大道、雪邦国际赛道、多媒体超级走廊、沙捞越巴贡水坝以及新的联邦行政首都布城。
马在位最久的总理马宣布退休，由副总理接任。在马来西亚大选中巴领导的国民阵线大获全胜。