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坚强的她，使同步值不断下升，慢慢的接近了百分之百，自信心越来越强的她在第十五使徒出现时，便不顾命令主动出去迎击使徒。以在新的家人面前表现自己，希望能够得到奖励，但在受到使徒的精神攻击后，她的精神顽强抵抗，牵制住使徒，让初号机直接飞上天空，在卫星轨道上将使徒击败，然后吃掉，融合了第三个生命之果。
从二号机下来后的明日香低沉的打算迎接家人的失望，但是却被抱入怀中，温柔的安慰，在其额头亲吻，表扬道：“今天做得很好，若是没有你，初号机未必能将使徒灭杀。”当晚，做了一顿大餐，犒赏明日香，赤木明子带着眼泪笑着将饭菜吃完，和家人睡在一起，睡了美美的一觉，梦中的黑暗阴影彻底消失，醒来后，分别在赤木母女怀中撒了会娇，三人一同起床。此后，就是她们一家三口温馨幸福的日子了。
好日子不会长久，生活总会用各种各样的方式，来考验你是否有资格拥有这样美好的生活。第十六使徒出现，拥有只要与其接触到，精神就会被其侵食的异能，这一次仍然是初号机战斗，其她两个机体辅助。共鸣达到了百分之六百的初号机直接将第十六使徒的精神侵蚀抵挡在外，其她两人在生命之果的辅助下，不受影响。打败使徒，吃掉使徒，融合生命之果。初号机拥有了第四个生命之果，古语有云：“始于一，立于三，成为五，盛于七，极于九。”当融合第五颗生命之果后，再融合亚当，莉莉丝就能成为人类补全计划的核心。
第三新东京市在多次经受使徒侵袭之后，到处是战斗遗留下来的废墟。也由此，某人有了改造的余地，所有低层老旧建筑都被拆掉了，在黑科技的作用下，十天一栋占地一千平方米的五十层大楼就能建好，更是规划出了五个核聚变发电站，为整个城市供电。实际上做这些事情，某人都是有阴谋的。
一日，在夕阳西沉的湖边，真嗣子习惯性的来此散步，活动筋骨，遇见了一位少女，她就是由全灵来的渚薰。没错，就是第十七使徒，还是个妹子，这中间有凌波妙的功劳。在交流过程中，渚薰发现了碇真嗣子的秘密，竟然和母亲有灵魂契约，从此再不孤单。如此渴望的她，提出了融为一体的想法，将碇真嗣子吓跑了，伤心的她本打算强行做这件事情，却遇到了一直关注她的凌波妙。提出了一个交易。
“你自愿融于初号机内，人类补全机会之后，我让你拥有精神网络，能够和她人精神相连，从此不再是一个人，不在孤单，不在寂寞，不在受到猜忌，背叛等等。”渚薰答应了这个交易，将相关的计划告知碇唯后，知道不能拒绝的她问出了一个问题：“世界重置之后，我和真嗣子的位子在哪里？”
“你会成为星球意识，也就是星灵，这个星辰的统治者，你女儿真嗣子会成为阿赖耶一般的存在，一同位于第一阶级，至上者。”
得到如此回应的碇唯知道对方不会骗她，更不屑骗她，将渚薰融合之后，拥有了五颗生命之果，在凌波妙的引导下，来到了中央教条禁区内，吞噬了莉莉丝和亚当，之后融入了其他的生命果实。将同步共鸣达到百分之一千，和女儿完全为以一，以隆基努斯之枪贯穿自身，完成了由十个圆轮组成，类似魔法阵的卡巴拉生命树真图。将早就剥离炼制好的莉莉丝灵魂融入初号机，这个灵魂中有所有惨死生灵的残魂，将万名凌波收入小世界，也在这一刻凌波妙的神力恢复，顺便将第三东京市收进了小世界。
人类补全计划开始，大量的光之丝，迅速的伸向所有的生灵，将其融化，归入自身，将所有活着的生灵全部融入卡巴拉生命树。一个万米大小的光之巨树参天而起，一个个生命与此中化生，一个个故人在里面升华。她还是有私心的。一年之后，十七个生命果实出现，被绫波妙收到了小世界内，这是当初就商量好的报酬。
两年后，作为星灵的碇唯出现，作为阿赖耶的碇真嗣子出现，智慧果实融入她本身，从此为智慧的掌控者。与两人商议后，以人类女性的外貌，塑造十七个天使，以使徒的名字标记。分别是：第一天使亚当，第二天使莉莉丝，第三水天使萨基尔，第四昼天使夏姆榭尔，第五雷天使雷米尔，第六鱼天使迦基尔，第七音乐天使伊斯拉斐尔，第八胎天使桑德枫，第九雨天使马特里尔，第十空天使萨哈魁尔，第十一恐怖天使伊洛尔，第十二夜天使雷里尔，第十三霰天使巴迪尔，第十四力天使塞路尔，第十五鸟天使亚拉尔，第十六**天使阿米沙尔，第十七自由天使塔布里斯渚薰。
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