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妮特丽互相选择对方作为自己的伴侣。当一台推土机铲平了声音树（TreeofVoices）后，杰克破坏了它：这显示出他效忠对象的改变。夸里奇给塞尔弗里奇播放了杰克的影像日记，杰克在影像中说到，奥马地卡雅族绝对不会放弃家园树。于是，塞尔弗里奇下令摧毁家园树。
尽管格**竭力主张说，摧毁家园树会影响潘多拉星球有机体赖以连接的神经网络，但塞尔弗里奇只给了杰克和格**一小时去劝纳威人离开家园树。杰克向奥马地卡雅族人披露了他的最初任务，妮特丽认为杰克出卖了他们。杰克和格**的阿凡达因而被俘。夸里奇的军队摧毁了家园树，杀死了包括妮特丽的父亲eytucan酋长在内的许多奥马地卡雅族人。在基地，杰克、格**和诺姆因背叛RDa公司而受囚禁。对夸里奇的战争手段感到厌恶的保安部队飞行员楚迪·查肯将他们劫出，把他们带到前哨站，并协助其转移。但在逃离过程中，格**被夸里奇击中，严重负伤。
为了重获奥马地卡雅族人的信任，杰克制服了一只霸王飞龙（Leonopteryx）：历史上只有五名纳威人驯服过这种强大的空中捕食者。杰克在神圣的灵魂之树（Treeofsouls）下找到了奥马地卡雅族人，并求得mo‘at帮助治愈格**。在灵魂之树的帮助下，族人们试图将格**从其奄奄一息的人类躯体中转移到她毫无意识的阿凡达身上，但因其伤势过重，格**未能坚持完转换。mo‘at随后宣布说：“她现在和爱娃在一起了。”
在妮特丽和奥马地卡雅族新领袖苏泰的协助下，杰克从众多纳美部族里集结了数以千计的战士，希望借此击退人类。通过和灵魂之树的神经连接，杰克向爱娃祈求，希望她能在即将到来的战斗中帮助纳威人。夸里奇提到了纳威人正在集结军队，说服塞尔弗里奇批准对灵魂之树展开先发制人的打击。他希望通过毁灭纳威人的宗教和文化中心来迫使他们归顺。
随着保安部队开始攻击，纳威人也展开了反击，但人员伤亡甚重，苏泰和楚迪都不幸遇难。然而，形势却突然逆转，潘多拉星上的野生动物们开始进攻保安部队，妮特丽高兴的说爱娃回应了杰克的祈求。杰克在轰炸机抵达灵魂之树前摧毁了它。夸里奇找到了连接杰克人类躯体和阿凡达的节点，并对其展开攻击，令杰克暴露在潘多拉星的大气中。妮特丽杀死了夸里奇，救出了杰克。随着攻击的结束，杰克和妮特丽的爱情得以恢复，而妮特丽也第一次见到了杰克的人类躯体。
塞尔弗里奇和剩余的公司职员被驱逐出了潘多拉星，但杰克、诺姆和其他科学家则被准许留下。杰克戴上了奥马地卡雅族领袖的徽章。部族展开了宗教仪式，将杰克从其人类躯体中永久地转移到他的阿凡达身上。
对于整个故事申宫若愚充满了吐槽点，但是这不妨碍申宫若愚搬运悬浮山，再尝试了用念力抓着悬浮山进行穿越并成功之后，申宫若愚刻意回避了人类和纳威人，只是在默默地搬运着悬浮山，并没有打算偷取这里人类的武器，这里人类竟然还用火药武器。这简直叫人无语到极点。
最开始申宫若愚一直以为电影中的军队是人类远征的军队作为拥有远征军队可以进行星际探索将人类Dna与纳美人Dna合成克隆意识交换的文明怎么会没有激光武器生物武器对行星武器.没用这些就算了.起码你至少有无壳弹药把.居然用的还是火药武器.....
后来发现那其实是一家的远星开拓公司叫RDa....来潘多拉是为了开采一直能让人类能源发生巨大变化的矿藏的。
再后来...才知道原来RDa因为拥有军队的原因.和地球有法律规定远星探索只能使用落后于当前科技100年的武器装备当时是2154年100前的武器也就是我们40年后的武器不允许拥有对行星武器热能武器以及生物灭绝武器...其中出现的机甲已经算是额外强力的装备了还是100年前的改进型号................
太蛋疼了我只能说RDa实在是太守规矩了.....。。