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自己死后没有好下场，他所推行的变法，也随之被废。
如今这位崇祯皇帝，可不想自己推行的新政，到最终，得到这么一个结果。
因此，他宁肯什么事情都慢上那么一点，哪怕是效果没有那么立竿见影，没有那么明显，也一定要扎扎实实，让它在这个时代生根发芽，最终开花结果。
崇祯三年五月十五日的望日朝会，很快就在与会的满朝文武大臣们的一片颂圣之声中结束了。
虽然只是定下了一个大体的框架和思路，许多具体的东西都没有涉及，而且与自己心中的真实想法，还有不小的差距，但是对于在建极殿的大朝上，顺利地得到眼下这个结果，崇祯皇帝却已经很满意了。
从建极殿出来之后，心情大好的崇祯皇帝又让王承恩去把孙承宗、张惟贤这两位军机大臣，以及南居益这个兵部尚书，请到了乾清宫自己的御书房中议事。
等到这三个人来到乾清宫的时候，崇祯皇帝已经在书房中坐着等候了，待三个人行过礼后，崇祯皇帝为三人赐座，并让内侍为三人上茶，三人再次谢恩，之后，崇祯皇帝说道：
“这个世上，任何事情都是说起来容易做起来难，这次朝廷重定兵制军制，事关重大而牵涉又多，更非能一蹴而就者。
“朕今日在建极殿大朝之上所说种种，只是给卿等明确一个方向，定下一个框框，具体如何做，还要卿等尽快拿出一个条陈。
“朕再叫三位爱卿前来，就是想把其中几个要点，说与卿等斟酌！
“其一曰定职司。除了朕今日所说的大都督与上护军，每一都督府中经历司、断事司、镇抚司等现有职司予以保留之外，需因时而制，另设有司。
“其二曰定人选。南北五军各府左右都督，都督同知、佥事，可从现有督府所任勋臣之中优先选任，边军、腹地之总兵官有能适任者亦可任用！
“至于新设左右护军，左右参军等大员，可从现有地方抚按，边镇监军，腹地监军副使、兵备副使，乃至科道言官之知兵胜任者中选取任用！
“其三曰定驻守，南北五军各府驻地不必局限两京，似此海军都督府，理应沿海而设，朕以为天津、登莱皆可也！”
在乾清宫御书房这样的场合之中，崇祯皇帝面对孙承宗、张惟贤、南居益三人侃侃而谈，将自己的一些想法和盘托出。
左右都督、都督同知、都督佥事、五军断事官等重要职官，甚至包括参军、镇抚、经历、都事等等中低阶的职官，当然全都是五军都督府原有的设置。
对于这些原有的职官职司，崇祯皇帝一律予以尊重和保留，而除此之外，设立与各府左右都督平行而且平级的左右护军，目的也很明显。
就是要将后世行之有效的二元制或者说军政双首长制，引入五军都督府这个大明最高的军事指挥机构之中。
护军与监军之设，本来就与后世的那种政治委员制度十分相似。
这也是华夏传统之中自古就有的东西，不会有什么水土不服。
这个权力制衡的设置，或许在一定程度上的确会增加文官对于军队的影响，但是却也能够充分保证，这个今后权力必将越来越大的新五军都督府，不会发展成为脱离自己控制的庞然大物。
东林党人不能用，并不意味着所有的文官都不能用，这一点，如今这位崇祯皇帝还是分得清的。
乾清宫内的小范围召见议事，一直到了黄昏时分方才结束。
接下来，崇祯皇帝将自己定下的这些东西，交给了宁城伯孙承宗、英国公张惟贤这两个军机大臣，以及兵部尚书南居益三个人，一起领着军机处、兵部和五军都督府的人员，来商议剩下的各种具体细节。
对于新五军都督府里面的一些重要职位，他的心目之中，当然早已经有了一些人选和腹案，然而，不管是重定五军都督府职司也好，任命左右都督、左右护军以及其他人选也好，即便是他有了解历史大势并前超前三百年的见识，他也不能一人包揽一切、面面俱到。
因为这样做，既不可能，也没必要。